Muitinės laboratorija yra specialioji Lietuvos Respublikos muitinės įstaiga. Laboratorijos tyrimo išvadomis teisės aktų nustatyta tvarka remiasi visos muitinės įstaigos ir kiti asmenys.
Muitinės laboratorijos savininko teises ir pareigas įgyvendinanti institucija yra Muitinės departamentas prie Lietuvos Respublikos finansų ministerijos.