Siekiant teikti kokybiškas, asmenų teisėtus lūkesčius ir pažangią praktiką atitinkančias muitinės paslaugas, kartu išlaikant deramą pusiausvyrą tarp verslo sąlygų palengvinimo ir veiksmingos Lietuvos ir Europos Sąjungos finansinių interesų, rinkos, visuomenės ir aplinkos apsaugos nuo neteisėtos, nesaugios ir nesąžiningos tarptautinės prekybos Lietuvos Respublikos muitinėje įdiegta kokybės vadybos sistema pagal Lietuvos standarto LST EN ISO 9001:2015 reikalavimus.
Kokybės vadybos sistema Lietuvos Respublikos muitinėje buvo įdiegta ir sertifikuota 2010 m. gruodžio mėnesį įgyvendinant Europos socialinio fondo ir Lietuvos valstybės lėšomis finansuotą projektą Nr. VP1-4.1-VRM-03-V-01-001 „Lietuvos Respublikos muitinės kokybės vadybos sistemos pagal Lietuvos standartą LST EN ISO 9001:2008 diegimas, sertifikavimas ir priežiūra“, pakartotinai sertifikuota 2013 m. ir 2016 m.
Lietuvos Respublikos muitinės kokybės politika parengta atsižvelgiant į Lietuvos Respublikos muitinės veiklos strategijos 2016–2020 metams nuostatas.
Siekiant užtikrinti užsakovams teikiamų tyrimų rezultatų kokybę, efektyviai valdyti ir nuolat gerinti Muitinės laboratorijos veiklos procesus Muitinės laboratorijoje yra įdiegta vadybos sistema. Laboratorijos atitiktį standarto LST EN ISO/IEC 17025:2005 reikalavimams Nacionalinis akreditacijos biuras pirmą kartą patvirtino 2006 metais. 2016 m. rugsėjo 8 d. Laboratorija buvo perakredituota naujam 5 metų laikotarpiui. Nacionalinis akreditacijos biuras išdavė Akreditacijos pažymėjimą, liudijantį, kad Muitinės laboratorija yra akredituota maisto produktų, alkoholinių gėrimų, tekstilės medžiagų ir naftos produktų tyrimams atlikti.
Muitinės laboratorijos akreditavimo sritis apima 14 tyrimo metodų. Visai akreditavimo sričiai nustatytas bandymų metodus aprašančių dokumentų naujų leidimų arba juos pakeičiančių tapačių dokumentų taikymo lankstumo atvejis. Akredituota lanksti sritis suteikia teises pačiai laboratorijai įvertinti akredituotus tyrimo metodus aprašančių dokumentų pasikeitimų svarbą, jų įtaką tyrimo rezultatams, priimti galutinį sprendimą dėl šių pasikeitusių tyrimo metodų taikymo laboratorijoje ir tvirtinti naują akreditavimo sritį.
